Während akuter Migräne- Attacken kann durch eine Positronen- Emissions- Tomografie (PET) im Hirnstamm eine verstärkt durchblutete Region sichtbar gemacht werden. Sie wird als Migränegenerator bezeichnet. Meist kann eine Diagnose schon rein symptomatisch gestellt werden. Auch durch das Führen eines Kopfschmerztagebuchs oder durch eine Familienanamnese kommt man der Migräne schnell auf die Spur. Genetische Untersuchungen belegen die Vererbbarkeit von Migräne.