Das körperliche Hauptmerkmal der Magersucht - das erhebliche Untergewicht - ist in vielen Fällen lebensbedrohlich.

Unausgewogene Diäten, Fasten, Erbrechen und der Gebrauch von Abführ- und Entwässerungsmedikamenten können zu einem Mangel an lebensnotwendigen Salzen (Elektrolyten), beispielsweise Kochsalz, Kalium oder Magnesium führen. Daher gehören auch Elektrolytstörungen zu den körperlichen Komplikationen bei der Anorexie.

In Verbindung mit einer zu geringen Flüssigkeitsaufnahme kann bei starkem Fasten der Harnsäurespiegel ansteigen und so zu einer Nierenstörung führen. Bei einer Niereninsuffizienz kann es wegen Eiweißmangel zu Wassersucht (sogenannten Hungerödemen) kommen. Die starke Gewichtsabnahme löst auch Hormonveränderungen aus: vor allem in der Schilddrüse und im sympathischen Nervensystem. Die Folge davon sind verlangsamter Herzschlag (Bradykardie), sinkender Blutdruck (Hypotonie) mit Schwindel und Kreislaufstörungen, zu tiefe Körpertemperatur (Hypothermie) und häufig auch Durchblutungsstörungen mit Kältegefühlen an Händen und Füssen (Akrozyanose).

Veränderungen der Sexualhormone treten bereits nach einer Gewichtsabnahme von wenigen Kilogramm auf. Sie können zu Zyklusunregelmäßigkeiten und zu Einschränkung der Fruchtbarkeit führen. Bei sehr niedrigem Gewicht bleibt die Menstruation schließlich völlig aus (Amenorrhoe).

Unausgewogene Diäten führen längerfristig zu Mangelzuständen bezüglich Vitaminen, Mineralstoffen und Folsäure.

Nebst den körperlichen Komplikationen kann die Magersucht auch seelisch schwerwiegende Folgen haben: Je länger die Essstörung besteht, desto höher ihr Stellenwert im Alltag. Überlegungen und Handlungen, die mit dem Essen und der restriktiven Nahrungszufuhr im Zusammenhang stehen, dominieren immer mehr vor anderen Interessen.

Die starke Gewichtsabnahme verändert den Eiweissstoffwechsel. Das kann bei kohlenhydratarmer Ernährung möglicherweise die Übertragung zwischen den Nervenzellen im Gehirn und somit die Stimmung verändern. Mit zunehmender Depression verlieren die Betroffenen immer mehr Lebensfreude und Interesse an der Umwelt. Soziale Kontakte werden immer mehr vermieden, was zur Isolation führen kann. Gleichzeitig nimmt die Konzentrationsfähigkeit ebenso wie die allgemeine Leistungsfähigkeit und auch das Interesse an der Sexualität ab.