Vor allem bei den Komplikationen unterscheiden sich die einzelnen Virushepatiden. Die Hepatitis A und C heilt immer vollständig aus und zumindest die Hepatitis A hinterläßt danach zumeist einen lebenslangen Schutz vor einer erneuten Infektion mit dem gleichen Virus. Es findet sich bei der Hepatitis A und E also kein chronischer Verlauf. Bei der Hepatitis A kann es in 0,1-0,2% der Fälle zu einer sogenannten fulminanten Hepatitis kommen. Dies ist eine schwere Verlaufsform, die ein akutes Leberversagen auslösen und auch zum Tod führen kann. Bei der Hepatitis B verlaufen 1% der Erkrankungen fulminant, bei Doppelinfektion mit zusätzlich Hepatitis D ca. 2%. Bei der Hepatitis C und E ist diese schwere Verlaufsform seltener. Besonders problematisch ist die Hepatitis E jedoch für Schwangere. Hier kann es bei 20% der Frauen zu einer fulminanten Entzündung mit Leberversagen kommen.

Weitere Komplikationen, die im Verlauf einer Leberentzündung auftreten können sind Entzündungen der Bauchspeicheldrüse, des Herzens, der Lunge und der Niere.